Las revueltas rurales en el sureste de México a principios del siglos XIX

En el sur de México no existía una tradición de lucha contra asaltantes apaches, las diferencias de clase coincidían con las diferencias étnicas. Los hacendados eran blancos o mestizos y los campesinos eran indios.
Los hacendados del sur tenían acceso a los mercados de ultramar y ejercían todo tipo de presiones sobre los campesinos libres, especialmente en Yucatán.

Los hacendados yucatecos empezaron a confiscar tierras indias, se imponían cargas fiscales y trabajos forzados a las clases bajas de la sociedad, procuraban utilizar la capacidad guerrera de los indios para sus luchas de facciones. Por lo que a finales de 1848, los mayas hartos por tanto abuso parecían estar repitiendo lo que habían hecho tres siglos antes cuando los españoles intentaron conquistar Yucatán. Declarando que había llegado la hora de que los indios reclamaran sus tierras, pensando en expulsar y masacrar a todos los blancos y mestizos.

Aunque el gobierno logró recuperar el control sobre la mayor parte de Yucatán, no pudo derrotar a los indios rebeldes, que se establecieron en el extremo sur de la península creando un Estado, el cual estaba gobernado por una coalición de dirigentes militares y sacerdotes de una deidad, la Cruz Parlante, cuya religión combinaba el cristianismo con los antiguos cultos mayas.

Las guerras de castas de Yucatán tuvieron gran impacto en México, a lo que le siguió La Guerra de Castas de Chiapas, el cual consistía en un movimiento religioso que se desarrolló en 1868 entre los indios Chamulas de Chiapas con el propósito de expulsar o matar a todos los habitantes blancos y mestizos de ese estado.

Sin embargo los indios Chamula no utilizaron su fuerza para expulsar a los no indios de su territorio, simplemente se retiraron de la sociedad mexicana, rehusándose a pagar impuestos o proporcionar trabajo. Se retiraron de la religión católica y establecieron una religión propia. Los chamulas se sublevaron en 1868, cuando los blancos como consecuencia de la derrota del gobierno del emperador Maximiliano y el fin de la guerra civil en México, se sintieron suficientemente fuertes para reimponer su control sobre los indios recaudando impuestos e intentando destruir sus símbolos religiosos. A diferencia de los Yaquis y los Mayas, los chamulas fracasaron, pues sólo desarrollaron una estrategia defensiva y no el tipo de postura ofensiva que caracterizó a sus equivalentes de Yucatán y Sonora.